В эпоху бурного развития экспериментально-математического и механистического естествознания натурфилософия как объяснение природы и умозрительное ее толкование отступает на второй план. Философия все в большей степени ориентируется на науку и, стремясь к ее обобщению, вырабатывает абстрактные категории для моделирования мира в мысли. XVII век — это время формирования классической философской онтологии, т. е. философского представления о существующем, о мире в целом, его структуре и основаниях. Онтология XVII в. органически связана с гносеологией, ибо вырастала из последовательного применения определенных моделей познания — рационалистической или эмпирической.

Философское объяснение мира велось в духе господствовавшей механистической методологии и заключалось в поиске окончательных причин, в поиске субстанции (субстанций) как основы мира, носителя всех свойств и отношений. Представление о субстанции предполагает идею о единстве мира безотносительно ко всем его разнообразным видоизменениям. Эта философская категория вырабатывалась, с одной стороны, на основе обобщения существующих научных данных и преодоления теологии, а с другой — как чисто абстрактное моделирование мира, где философская мысль, компенсируя недостаток научного материала, подчас значительно опережала свое время и вырабатывала представления, востребованные наукой в дальнейшем.


Декарт, исходя из непосредственной данности и очевидности мышления, считал его субстанцией, т. е. существующим самостоятельно, не нуждающимся ни в чем другом. Отсюда он развивал правила своего рационалистического метода и представления о структуре мира. Рационализм дедуктивно выводит истинное знание из врожденных идей сознания, принимаемых за аксиомы. Среди врожденных идей, т. е. идей безусловно истинных, Декарт находит идеи протяженности, телесности, длительности. Но мысли эти свойства не присущи. Следовательно, можно предположить существование начала, которое характеризуется именно этими свойствами. Так Декарт полагает две субстанции мира — идеальную и материальную; они абсолютно противоположны по свойствам, но при этом соответствуют друг другу, ибо развертывание мысли по ее собственным законам дает нам истинное знание о мире противоположном — материальном. Гарантом соответствия субстанций в философии Декарта выступал Бог.

Рационалист Спиноза (1632—1677), исходя из соответствия двух начал и способности мышления давать истинное знание о материи, перестал рассматривать мышление и протяженность в качестве двух субстанций и определил их как два атрибута одной субстанции. Тем самым признавалась одна вечная и неизменная субстанция, которая существует через вещи, в том числе и через мыслящего человека. Он наделяет ее активностью: она является «причиной самой себя» во всех многочисленных проявлениях. Так последовательный материалистический монизм Спинозы преодолел дуализм Декарта и необходимость введения в модель мира бога.

Онтология Лейбница (1646—1716) также тесно связана с его рационалистическим представлением о заложенности в разуме в потенциальном состоянии абсолютно достоверного знания. Эта общая мыслительная предрасположенность присуща не только разуму человека, но и всем телам в мире, благодаря чему самые разнообразные явления мира складываются в единую общую — предустановленную — гармонию мироздания. Как каждая точка графика функции, обладая своими собственными параметрами, в то же время несет в себе характеристики функции в целом и поэтому соответствует другим точкам, так и отдельные тела несут в себе знание о мире в целом и соответствуют другим телам. Так складывается монадология Лейбница, т. е. модель действительности, в которой мир состоит из бесчисленных самостоятельных субстанций, единиц бытия, монад, связанных в общую систему благодаря заложенным в них знаниям о едином бытии. Эти монады активны и подвижны, но эта активность вызвана их духовным характером, их знанием. Таким образом на основе методологии рационализма Лейбниц развил идеалистическую онтологию.