Философы Р. Декарт и Ф. Бэкон обосновали свободное построение научного знания вне идеологических и авторитарных рамок, общераспространенных предрассудков и суеверий. Оба философа разработали новое понимание познания как новаторской деятельности, призванной служить человеку. Благодаря их трудам опора на опыт и разум стала ведущей темой методологии научного познания.

В соответствии с характером складывающего научного знания они сформулировали эмпирическую и рационалистическую методологию.

Эмпиризм — философское направление, признающее чувственный опыт единственным источником достоверного знания. Английский философ Френсис Бэкон (1561—1626) провозгласил целью науки увеличение власти человека над природой, предложил реформу научного метода познания — обращение к опыту и обработка его методом индукции, т. е. логическим переходом от частного к общему. Бэкон обогатил теорию индукции введением элиминативной, или исключающей, индукции, где вывод о предполагаемой связи явлений проверяется отрицательными примерами ее отсутствия. Хотя в терминологии Бэкона эмпиризм — это ошибочный, слепой вид познания, в историю философии он вошел именно как один из основателей эмпиризма, ибо считал правильно обработанный чувственный опыт человека единственным источником знания и критерием истины.

Рационализм — философское направление, признающее разум основой познания. Рене Декарт (1596—1650), французский философ, математик, физик и физиолог, считал всеобщность и необходимость научных истин следствием всеобщности и необходимости правил логики, выводящей знание из неких врожденных идей. Они настолько очевидны и ясны, что не подлежат никакому сомнению, не нуждаются в доказательстве, присутствуют во всяком нормальном человеческом сознании. Согласно Декарту, дедуктивное развертывание мышления, т. е. переход от общего к частному, по основным правилам единственно может привести человека к истине. Тем самым Декарт дал развернутое обоснование рационализма.

При всем различии эти методологии освобождали науку от суеверий, традиционных заблуждений, предлагали все положения проверять опытом или критической работой разума.